Reference Managers/Mendeley – deel 2

Over Mendeley (dit is erg veel tekst geworden, vandaar een inhoudsopgave*)…

Installatie
Het proces: opslaan van citatiegegevens
Mendeley Desktop – Extractie van citatiegevens uit PDF
Mendeley Desktop – Importeren van citatiegegevens uit databases
Mendeley Web – Citatiegegevens importeren met de Webimporter
Cite While You Write – Verwijzing invoegen en bibliografie aanmaken
Cite While You Write – Stijlen
Extra
Oordeel

* (wist niet dat dit kon in WP, zie uitleg)

Dit is deel twee uit een serie over reference managers, lees het eerste deel hier.

Installatie

Mendeley combineert een desktop installatie (Mendeley Desktop) met een online applicatie (Mendeley Web). Na het maken van een account is de software te downloaden: beschikbaar voor Windows, Mac of Linux! Aan het einde van het installatieproces is er een optie om de MS Word of Open Office-plugin te installeren (voor de ‘cite-while-you-write’-functie, zie later) en de Webimporter (om citatiegegevens rechtstreeks uit een database te importeren met een knop in de browser, zie ook later). Er is zelfs een Zotero-sync-plugin, maar deze heb ik niet getest.
Mendeley is dus op Linux in combinatie met Open Office gebruiken. Hulde!

Het proces: opslaan van citatiegegevens

Ik heb zelf altijd een beetje ruzie met ‘het proces’… Hoe ga ik om met full-texten (PDF’s) van artikelen en de daarbij behorende citatiegegevens? Vaak is het bij het vinden van een artikel nog niet duidelijk of het echt relevant is en of je er later iets uit citeert.
In een database zijn na een zoekopdracht de citatiegegevens van gevonden artikelen  – na ze te markeren – direct (of vanuit een tijdelijke map) – in een keer te exporteren naar een reference manager. OK. Dan heb je ze maar vast.. weggooien kan altijd nog! De PDF’s moeten vervolgens per stuk* worden gedownload (of geprint). Het kan in ieder geval niet tegelijkertijd (citatiegegevens + PDF exporteren). In de reference manager moeten de PDF’s weer ‘geattacht’ worden aan de titels in de ‘library’… Dit laatste kan weer lastig zijn om dat de gedownloade PDF’s vaak onherkenbare namen hebben als “391S_34235ac.pdf” of erger. Het verdient dus de aanbeveling ze te herkenbaar hernoemen bij het opslaan en in een daarvoor bestemde map op te slaan. Het is natuurlijk ook mogelijk de mee geëxporteerde link naar de full-text in de citatiegevens te gebruiken maar dan is er weer geen mogelijkheid om notities of onderstrepingen aan te brengen (ik gebruik daarvoor PDF Exchange Viewer!) en altijd VPN (of soortgelijke) verbinding nodig om de artikelen in te kunnen zien.

Wanneer je bijv. – zoals ik – via RSS geabonneerd bent op TOC’s van tijdschriften dan is dit nog omslachtiger. Merk je in een attendering interessante artikelen op dan kom je – na klikken – per titel vaak in verschillende databases terecht en moeten de full-texten/citatiegegevens per titel worden gedownload/geëxporteerd. Erg omslachtig allemaal. Wat dat laatste betreft; ik wil Mendeley zelf gebruiken om regelmatig de titelgegevens van via RSS opgemerkte interessante artikelen snel en efficiënt, volledig en correct (met link naar de full-text) in een blogpost te kunnen presenteren zonder dit alles te hoeven over te typen.

* zag overigens recent dat dit in Science Direct ook in bulk kan!

Mendeley Desktop

In Mendeley Desktop kan een map (folder) op je PC aangewezen worden die telkens bij het opstarten van het programma ‘gescand’ wordt (de watch folder-optie).

Extractie van citatiegevens uit PDF
Mendeley biedt een oplossing voor het in de vorige paragraaf omschreven probleem. Mendeley extraheert nl. uit de PDF’s die in deze map opgeslagen zijn automatisch de citatiegegevens waar mogelijk (Endnote kan dit bijvoorbeeld niet..). Dit lukte bij 9 van mijn 15 testdocumenten. Lukt dit niet – of onvolledig – dan worden de documenten in een map ‘Needs review’ geplaatst. De titelgegevens kunnen dan m.b.v. een zoekactie in Google Scholar (de ‘Search by Title’-functie) of handmatig aangevuld worden. Van de overige 6 lukte dit bij 3 met deze zoekfunctie automatisch en moest ik er 3 volledig zelf invullen. Toch niet slecht.

In Mendeley Desktop is het mogelijk ‘collecties’ te maken, een soort deelbibliotheken en collecties te delen (je kunt personen toevoegen die deze collectie mogen zien). Verder zijn titels als favoriet, gelezen/ongelezen te markeren en te sorteren op auteur, titel, jaar etc. Het toevoegen van ‘tags’ aan documenten en hierop (of op auteur of uit citatiegevens gehaalde trefwoorden) selecteren in een soort browsefunctie behoort verder tot de mogelijkheden. De PDF’s die je in Mendeley inlaadt kun je in het programma zelf lezen met een ingebouwde (multitab) PDF-lezer die bovendien ook nog de mogelijkheid biedt om tekst te ‘highlighten’ of ‘notes’ (post-it’s) toe te voegen en meer (gelijk PDF Exchange). Er is ook een full-text PDF search (de gehele PDF-collectie is in 1x te doorzoeken).

Importeren van citatiegegevens uit databases
Vanuit een database geëxporteerde citatiegevens binnenhalen kan ook, mits ze in Endnote, RIS of Bibtex-format zijn. Dit lukte zonder problemen vanuit ScienceDirect, ISI Web of Knowledge, EBSCOhost, OvidSP. CSA lukte niet. Ik ga er vanuit dat wanneer Endnote export mogelijk is, het in Mendeley ook in te lezen is (ook vanuit de UvA catalogus en Digitale Bibliotheek lukt het, d.w.z. eerst de file opslaan en dan importeren).

Medeley Web

Met behulp van de ‘Sync Library’-knop zijn de citatiegegevens met de daaraan gekoppelde PDF’s vanuit Mendeley Desktop te uploaden naar Mendeley Web (opslag van 500 mb). Je hebt dan na inloggen op www.mendeley.com vanaf elke PC met browser toegang tot je full-texten en citatatiegegevens.

Citatiegegevens importeren met de Webimporter
Ook kun je wanneer je ingelogd bent met de zgn. ‘Web Importer’* vanuit je browser direct uit 48 bronnen – waaronder Pubmed, JSTOR, Plos, Google Scholar (in bulk!!) en -Books, SAGE, SpringerLink etc. – citatiegegevens importeren. Dit gaat middels een ‘knop’ die je aan je Favorieten moet toevoegen (werkt in FF, IE, Opera, Safari en Chrome!). 

*NB. pop-up blocker voor Mendeley uitzetten! In FF: Tools -> Options -> Content -> Exceptions (bij Block popup windows) -> toevoegen ‘www.mendeley.com’.

Er is ook een BibTex sync & LaTeX integration.. maar ik weet (nog) niet goed wat dat is.. misschien kom ik daar nog op terug.

Vanuit Mendeley (Web of Desktop) zijn collega’s die ook Mendeley gebruiken toe te voegen aan je contactpersonen. Ze zijn uit te nodigen via e-mail of te importeren uit o.a. LinkedIn, Gmail en Hotmail.  Er is ook een directory van personen op vakgebied. Met contacten kun je e-mailen, hun collecties volgen of collecties delen. Er zijn ook openbare collecties m.b.t. een bepaald vakbied te volgen (met RSS-feed!) waaraan iedere deelnemer documenten kan toevoegen (alleen citatiegevens, in verband met auteursrecht natuurlijk niet de full-text!). Zelf creëer je ook een zgn. ‘research profile’ met CV, publicaties e.d. (ik ga verder niet zo diep in op deze functies.. misschien voor een andere keer?).

Cite While You Write

Verwijzing invoegen
Het verwijzen vanuit MS Word of Open Office gaat op identieke wijze. Je klikt op – er is in de tekstverwerker een knoppenbalk toegevoegd –  de functie ‘Insert Citation’, er wordt automatisch geswitcht naar Mendeley Desktop (moet dus al opgestart zijn), daar klik je op de gewenste titel en met de knop ‘Send citation to…” wordt de titel ingevoegd in het document. Dit kan in de lopende tekst of in voetnoten. De bibliografie wordt niet automatisch gegenereerd, hiervoor moet je in de tekstverwerker eerst op ‘Insert bibliography’ klikken. Updaten moet met de ‘Refresh’-knop.

Stijlen
Je kunt in een verwijzing een paginanummer toevoegen (bijv. van (Balas 2009) naar (Balas 2009, p. 24) maar vervolgens wordt deze gewijzigde verwijzing niet meer aangepast wanneer je een andere stijl kiest. Ook verwijderen van gemaakte verwijzingen lukt niet altijd goed (een bug?). Met betrekking daartoe; het aanpassen van stijlen (je hebt standaard keuze uit 8 maar kunt via ‘Other’ kiezen uit 1180 stijlen, deze worden overigens (online) opgehaald.. wat soms nogal lang duurt) lijkt – behalve eerder genoemde – allemaal goed te werken. Er is echter geen stijl-preview mogelijkheid in de tekstverwerker (wel in Mendeley Desktop, d.w.z. alleen de bibliografieopmaak en niet de in tekst citatie/voetnoet opmaak) en stijlen zijn – voor zover ik uit kon vinden – niet aan te passen of zelf te maken. Gewijzigde citatiegegevens (bijv. het publicatiejaar van een artikel) in Mendeley Destkop worden in na het gebruik van de knop ‘Refresh’ in tekstverwerker goed doorgevoerd.

Extra

Een handige feature is het vanuit Mendeley Desktop kunnen slepen van titels (citatiegegevens) naar Google Docs, een blogpost (dashboard) of e-mail. In de stijl waarin de titels weergegeven worden in de lijst in Mendeley Desktop worden de citatiegegevens (als bibliografie) weergeven op de plek waar ze zijn geleept. Heel handig en dus ook de perfecte oplossing voor het doel waarvoor ik Mendeley wilde gebruiken! Er zijn nog meer kleine functies die de traditionele reference managers niet kennen… maar de blogpost is al lang genoeg lijkt me.

Oordeel

Volgens mij kan de gratis reference manager – en netwerk tool – Mendeley bijna als een volwaardig alternatief gezien worden voor betaalde producten als Endnote, Refworks en Reference Manager.

Het extraheren uit PDF gaat niet altijd goed maar bij de concurrenten wel? Zijn die er wel? Ik denk dat qua export van citatiegegevens vanuit databases het programma niet onder doet voor de concurrenten en de extra functies van de Webimporter (het is o.a. mogelijk een screenshot en tags toe te voegen aan de titels die geïmporteerd worden) een plus zijn.
Op het gebied van beheer, lezen, notities maken e.d. scoort Mendeley zeker hoger door de geïntegreerde PDF lezer. Dit is echt heel goed bedacht.
De ‘cite-while-you-write’-functie is wat mager en lijkt soms wat instabiel (nogal eng als je met een heel groot en belangrijk document als een dissertatie bezig bent). Als je echt met stijlen wilt ‘rommelen’ dan gaat dat niet. Overigens in Refworks ook niet. Endnote is daar vooral sterk in.

Ik ben erg enthousiast maar zou het programma toch nog niet als vervanger aanbieden aan studenten en onderzoekers van onze universiteit. Daar moet het nog net iets stabieler voor worden.

Verder nog een pluim voor het beschikbaar maken voor alle belangrijke besturingssystemen, wordprocessors en browsers. En (!)… binnenkort komt de zgn. Mendeley Open API vrij waarmee mashups gecreëerd kunnen worden. Zie voor meer nieuws de Mendeley Blog.

QR codes in de bibliotheek

De catalogus van bibliotheek van University of Bath geeft bij de volledige titelpresentatie een QR code weer die titel-, auteur- en plaatsgegevens bevat. Niet meer op een kladje noteren.. maar even de code(s) scannen met je telefoon, de informatie opslaan en op weg naar de bibliotheek. Een service die ik ook wel in de catalogus zou willen zien!

Eh, nog nooit van gehoord… QR codes?

Ze bestaan al sinds 1994 en hebben elders (al jaren in Japan en in vrij recent in Amerika) hun hype kennelijk al gehad. Een QR code is een soort barcode maar dan niet in de vorm van een bar en ook niet met streepjes.

Enkele voorbeelden:

En deze en deze…

Het grootste verschil met een gewone barcode is dat QR codes cijfers en letters kunnen bevatten. En veel ook. Tot ca. 7000 numerieke en 4000 alfanumerieke tekens, dit in tegenstelling tot de magere 20 cijfers van de barcode. Daarnaast is de QR code makkelijker te lezen, minder storingsgevoelig en heeft nog enkele andere bijzondere eigenschappen (zie voor alle details de website van de ontwikkelaars Denso).

Mogelijkheden dus!

En veel.. de codes kunnen op webpagina’s afgebeeld worden en natuurlijk op papier worden afgedrukt (en op mokken, aankondigingen, T-shirts, gebouwen, tatoeages(!), waarop eigenlijk niet?). Inhoudelijk kunnen ze – omdat een tekst/cijfer combinatie mogelijk is – dus ook van alles bevatten: URL’s, telefoonnummers, e-mailadressen, recepten, gedichten, aanbiedingen, songteksten, filmpjes, een locatie… en dus ook de gegevens van een item in de catalogus.

Een beetje mobiele telefoon kan QR codes lezen met behulp van de ingebouwde camera en speciale software, zeker iPhones (Beetag, Quick Mark) en telefoons met Android (Barcode Scanner + Scan Paste). Je loopt op straat, bent in een gebouw, surft op internet, leest een tijdschrift of boek.. ziet een QR code, scant deze met je telefoon en wordt naar de website, blog o.d. geleid of krijgt additionele tekst (zie eerdere opsomming) op het scherm te zien.

In de Frederik Hendrikstraat (Amsterdam) vind je sinds kort grote QR codes op muren die na ‘lezen’ gedichten blijken te bevatten, las ik in nrc next. Overigens min of meer aanleiding voor deze post.

In de praktijk ken ik de toepassing vooral van mijn Android telefoon. Op bijv. Android Tapp lees ik – via mijn computerbeeldscherm in dit geval – een review van een nieuwe app. Vervolgens scan ik de daarbij afgebeelde QR code en deze zorgt ervoor dat ik de app direct vanuit de Android Market kan installeren. Ook snel informatie (bijv. visitekaartje) doorgeven van telefoon naar telefoon kan m.b.v. ‘instant’ gegenereerde QR codes. QR codes maken kan ook met de zgn. webgenerators. Mijn favoriet is de generator van ZXing Project (zie een uitgebreid overzicht op 2d code).

Terug naar de toepassing(en) op bibliotheekgebied

Behalve weergave van de codes in catalogi (University of Bath, Huddersfield en – bijna – Sheffield) zijn er talloze andere toepassingen te bedenken. Ze zijn volgens mij op te delen in toepassingen waarvoor je geen internet op je telefoon nodig hebt – bijv. de catalogus informatie of een URL voor later gebruik – en die waarbij het wel noodzakelijk is omdat de verwijzing (URL naar wat voor webbron dan ook) alleen nuttig is als deze direct tot stand gebracht wordt. In principe is elke combinatie tussen fysiek item en elektronische bron mogelijk.

Meer specifiek, de gescande QR code kan bijvoorbeeld linken:

• van papier naar elektronisch tijdschrift;
• van papier naar e-book;
• van boek of artikel naar online review of gerelateerde items (bijv. d.m.v. actuele zoekopdracht in catalogus of bibliografische database);
• van hand-out bij cursus naar meer online informatie/instructiefilmpjes;
• additionele (al dan niet online) informatie bij tentoongesteld materiaal, op posters etc.;
• een overzicht van toonaangevende (boek-)publicaties bij een bepaald deel van de collectie (basisclassificatie);
• hulp en ondersteuning op allerlei gebied.

Natuurlijk valt of staat het succes van de toepassingen met de bekendheid/mogelijkheid van lezen van QR codes bij de potentiële gebruikers. Uit een onderzoek onder studenten – voorafgaand aan de inzet van QR codes – bij de University of Bath bleek dat slechts 13% wist wat een QR code was en 2% ook daadwerkelijk wel eens een code had gescand. Daarnaast bleek zo’n 94% van de ondervraagde studenten een camera in hun telefoon te hebben. Gelet op het feit dat voor vrijwel alle moderne mobiele telefoons met een camera scansoftware beschikbaar is, wat mij betreft reden genoeg om ook met iets dergelijks (om te beginnen implementatie in de catalgous) van start te gaan.

API

Hoe genereer je QR codes in de catalogus die titel-, auteurs- en plaatsingsgegevens bevatten? “This is created automatically (dynamically) through using the api of the Google QR Code Generator.”, lees ik op de blog: QR codes at Bath – FAQ. Als je met de generator from the ZXing Project en QR code genereert, wordt er ook een URL aangeboden.. dit is – voor zover ik het begrijp – de API van Google. Hieronder staat bijv. de URL van een QR code met tekst:

http://chart.apis.google.com/chart?cht=qr&chs=350×350&chl=Dit+is+een+probeertekst+voor+de+Google+API%0A

Volgens mij gaat het ongeveer zo… In de catalogus van de University of Bath haalt een Javascript bij het oproepen van de volledige titelbeschrijving de inhoud uit het titel-, auteurs-, locatie- en signatuursveld op en bouwt daar een URL (=API?) mee die de QR code genereert. Als je in de bovenstaande URL de tekst tussen de ++ wijzigt, wordt ook de QR code aangepast. Een + is een spatie, %0A een <br> enz.. Zie het Javascript van Bath.

Ik ben ondertussen al dagen aan het brainstormen over nog meer praktische en zinvolle toepassingen …. iemand?

Nog meer lezen?

Quick response codes and libraries – Andrew Walsh, Library Hi Tech News 5/6 2009
The Proverbial Lone Wolf Librarian – QR codes
QR tags and mobile ‘phones in the library – University of Huddersfield
7 things you should know about QR codes – EDUCAUSE
Library Succes Wiki – QR codes

NB.
Andrew Walsh (Bibliothecaris bij Huddersfield University) houdt tijdens EMTACL10 een ‘praatje’ getiteld “Blurring the boundaries between our physical and electronic libraries” waarin QR codes uiteraard (is nl. stokpaardje) ter sprake zal komen. Je ziet mij daar trouwens ook.. als toehoorder weliswaar!