Reference Managers/Mendeley – deel 2

Over Mendeley (dit is erg veel tekst geworden, vandaar een inhoudsopgave*)…

Installatie
Het proces: opslaan van citatiegegevens
Mendeley Desktop – Extractie van citatiegevens uit PDF
Mendeley Desktop – Importeren van citatiegegevens uit databases
Mendeley Web – Citatiegegevens importeren met de Webimporter
Cite While You Write – Verwijzing invoegen en bibliografie aanmaken
Cite While You Write – Stijlen
Extra
Oordeel

* (wist niet dat dit kon in WP, zie uitleg)

Dit is deel twee uit een serie over reference managers, lees het eerste deel hier.

Installatie

Mendeley combineert een desktop installatie (Mendeley Desktop) met een online applicatie (Mendeley Web). Na het maken van een account is de software te downloaden: beschikbaar voor Windows, Mac of Linux! Aan het einde van het installatieproces is er een optie om de MS Word of Open Office-plugin te installeren (voor de ‘cite-while-you-write’-functie, zie later) en de Webimporter (om citatiegegevens rechtstreeks uit een database te importeren met een knop in de browser, zie ook later). Er is zelfs een Zotero-sync-plugin, maar deze heb ik niet getest.
Mendeley is dus op Linux in combinatie met Open Office gebruiken. Hulde!

Het proces: opslaan van citatiegegevens

Ik heb zelf altijd een beetje ruzie met ‘het proces’… Hoe ga ik om met full-texten (PDF’s) van artikelen en de daarbij behorende citatiegegevens? Vaak is het bij het vinden van een artikel nog niet duidelijk of het echt relevant is en of je er later iets uit citeert.
In een database zijn na een zoekopdracht de citatiegegevens van gevonden artikelen  – na ze te markeren – direct (of vanuit een tijdelijke map) – in een keer te exporteren naar een reference manager. OK. Dan heb je ze maar vast.. weggooien kan altijd nog! De PDF’s moeten vervolgens per stuk* worden gedownload (of geprint). Het kan in ieder geval niet tegelijkertijd (citatiegegevens + PDF exporteren). In de reference manager moeten de PDF’s weer ‘geattacht’ worden aan de titels in de ‘library’… Dit laatste kan weer lastig zijn om dat de gedownloade PDF’s vaak onherkenbare namen hebben als “391S_34235ac.pdf” of erger. Het verdient dus de aanbeveling ze te herkenbaar hernoemen bij het opslaan en in een daarvoor bestemde map op te slaan. Het is natuurlijk ook mogelijk de mee geëxporteerde link naar de full-text in de citatiegevens te gebruiken maar dan is er weer geen mogelijkheid om notities of onderstrepingen aan te brengen (ik gebruik daarvoor PDF Exchange Viewer!) en altijd VPN (of soortgelijke) verbinding nodig om de artikelen in te kunnen zien.

Wanneer je bijv. – zoals ik – via RSS geabonneerd bent op TOC’s van tijdschriften dan is dit nog omslachtiger. Merk je in een attendering interessante artikelen op dan kom je – na klikken – per titel vaak in verschillende databases terecht en moeten de full-texten/citatiegegevens per titel worden gedownload/geëxporteerd. Erg omslachtig allemaal. Wat dat laatste betreft; ik wil Mendeley zelf gebruiken om regelmatig de titelgegevens van via RSS opgemerkte interessante artikelen snel en efficiënt, volledig en correct (met link naar de full-text) in een blogpost te kunnen presenteren zonder dit alles te hoeven over te typen.

* zag overigens recent dat dit in Science Direct ook in bulk kan!

Mendeley Desktop

In Mendeley Desktop kan een map (folder) op je PC aangewezen worden die telkens bij het opstarten van het programma ‘gescand’ wordt (de watch folder-optie).

Extractie van citatiegevens uit PDF
Mendeley biedt een oplossing voor het in de vorige paragraaf omschreven probleem. Mendeley extraheert nl. uit de PDF’s die in deze map opgeslagen zijn automatisch de citatiegegevens waar mogelijk (Endnote kan dit bijvoorbeeld niet..). Dit lukte bij 9 van mijn 15 testdocumenten. Lukt dit niet – of onvolledig – dan worden de documenten in een map ‘Needs review’ geplaatst. De titelgegevens kunnen dan m.b.v. een zoekactie in Google Scholar (de ‘Search by Title’-functie) of handmatig aangevuld worden. Van de overige 6 lukte dit bij 3 met deze zoekfunctie automatisch en moest ik er 3 volledig zelf invullen. Toch niet slecht.

In Mendeley Desktop is het mogelijk ‘collecties’ te maken, een soort deelbibliotheken en collecties te delen (je kunt personen toevoegen die deze collectie mogen zien). Verder zijn titels als favoriet, gelezen/ongelezen te markeren en te sorteren op auteur, titel, jaar etc. Het toevoegen van ‘tags’ aan documenten en hierop (of op auteur of uit citatiegevens gehaalde trefwoorden) selecteren in een soort browsefunctie behoort verder tot de mogelijkheden. De PDF’s die je in Mendeley inlaadt kun je in het programma zelf lezen met een ingebouwde (multitab) PDF-lezer die bovendien ook nog de mogelijkheid biedt om tekst te ‘highlighten’ of ‘notes’ (post-it’s) toe te voegen en meer (gelijk PDF Exchange). Er is ook een full-text PDF search (de gehele PDF-collectie is in 1x te doorzoeken).

Importeren van citatiegegevens uit databases
Vanuit een database geëxporteerde citatiegevens binnenhalen kan ook, mits ze in Endnote, RIS of Bibtex-format zijn. Dit lukte zonder problemen vanuit ScienceDirect, ISI Web of Knowledge, EBSCOhost, OvidSP. CSA lukte niet. Ik ga er vanuit dat wanneer Endnote export mogelijk is, het in Mendeley ook in te lezen is (ook vanuit de UvA catalogus en Digitale Bibliotheek lukt het, d.w.z. eerst de file opslaan en dan importeren).

Medeley Web

Met behulp van de ‘Sync Library’-knop zijn de citatiegegevens met de daaraan gekoppelde PDF’s vanuit Mendeley Desktop te uploaden naar Mendeley Web (opslag van 500 mb). Je hebt dan na inloggen op www.mendeley.com vanaf elke PC met browser toegang tot je full-texten en citatatiegegevens.

Citatiegegevens importeren met de Webimporter
Ook kun je wanneer je ingelogd bent met de zgn. ‘Web Importer’* vanuit je browser direct uit 48 bronnen – waaronder Pubmed, JSTOR, Plos, Google Scholar (in bulk!!) en -Books, SAGE, SpringerLink etc. – citatiegegevens importeren. Dit gaat middels een ‘knop’ die je aan je Favorieten moet toevoegen (werkt in FF, IE, Opera, Safari en Chrome!). 

*NB. pop-up blocker voor Mendeley uitzetten! In FF: Tools -> Options -> Content -> Exceptions (bij Block popup windows) -> toevoegen ‘www.mendeley.com’.

Er is ook een BibTex sync & LaTeX integration.. maar ik weet (nog) niet goed wat dat is.. misschien kom ik daar nog op terug.

Vanuit Mendeley (Web of Desktop) zijn collega’s die ook Mendeley gebruiken toe te voegen aan je contactpersonen. Ze zijn uit te nodigen via e-mail of te importeren uit o.a. LinkedIn, Gmail en Hotmail.  Er is ook een directory van personen op vakgebied. Met contacten kun je e-mailen, hun collecties volgen of collecties delen. Er zijn ook openbare collecties m.b.t. een bepaald vakbied te volgen (met RSS-feed!) waaraan iedere deelnemer documenten kan toevoegen (alleen citatiegevens, in verband met auteursrecht natuurlijk niet de full-text!). Zelf creëer je ook een zgn. ‘research profile’ met CV, publicaties e.d. (ik ga verder niet zo diep in op deze functies.. misschien voor een andere keer?).

Cite While You Write

Verwijzing invoegen
Het verwijzen vanuit MS Word of Open Office gaat op identieke wijze. Je klikt op – er is in de tekstverwerker een knoppenbalk toegevoegd –  de functie ‘Insert Citation’, er wordt automatisch geswitcht naar Mendeley Desktop (moet dus al opgestart zijn), daar klik je op de gewenste titel en met de knop ‘Send citation to…” wordt de titel ingevoegd in het document. Dit kan in de lopende tekst of in voetnoten. De bibliografie wordt niet automatisch gegenereerd, hiervoor moet je in de tekstverwerker eerst op ‘Insert bibliography’ klikken. Updaten moet met de ‘Refresh’-knop.

Stijlen
Je kunt in een verwijzing een paginanummer toevoegen (bijv. van (Balas 2009) naar (Balas 2009, p. 24) maar vervolgens wordt deze gewijzigde verwijzing niet meer aangepast wanneer je een andere stijl kiest. Ook verwijderen van gemaakte verwijzingen lukt niet altijd goed (een bug?). Met betrekking daartoe; het aanpassen van stijlen (je hebt standaard keuze uit 8 maar kunt via ‘Other’ kiezen uit 1180 stijlen, deze worden overigens (online) opgehaald.. wat soms nogal lang duurt) lijkt – behalve eerder genoemde – allemaal goed te werken. Er is echter geen stijl-preview mogelijkheid in de tekstverwerker (wel in Mendeley Desktop, d.w.z. alleen de bibliografieopmaak en niet de in tekst citatie/voetnoet opmaak) en stijlen zijn – voor zover ik uit kon vinden – niet aan te passen of zelf te maken. Gewijzigde citatiegegevens (bijv. het publicatiejaar van een artikel) in Mendeley Destkop worden in na het gebruik van de knop ‘Refresh’ in tekstverwerker goed doorgevoerd.

Extra

Een handige feature is het vanuit Mendeley Desktop kunnen slepen van titels (citatiegegevens) naar Google Docs, een blogpost (dashboard) of e-mail. In de stijl waarin de titels weergegeven worden in de lijst in Mendeley Desktop worden de citatiegegevens (als bibliografie) weergeven op de plek waar ze zijn geleept. Heel handig en dus ook de perfecte oplossing voor het doel waarvoor ik Mendeley wilde gebruiken! Er zijn nog meer kleine functies die de traditionele reference managers niet kennen… maar de blogpost is al lang genoeg lijkt me.

Oordeel

Volgens mij kan de gratis reference manager – en netwerk tool – Mendeley bijna als een volwaardig alternatief gezien worden voor betaalde producten als Endnote, Refworks en Reference Manager.

Het extraheren uit PDF gaat niet altijd goed maar bij de concurrenten wel? Zijn die er wel? Ik denk dat qua export van citatiegegevens vanuit databases het programma niet onder doet voor de concurrenten en de extra functies van de Webimporter (het is o.a. mogelijk een screenshot en tags toe te voegen aan de titels die geïmporteerd worden) een plus zijn.
Op het gebied van beheer, lezen, notities maken e.d. scoort Mendeley zeker hoger door de geïntegreerde PDF lezer. Dit is echt heel goed bedacht.
De ‘cite-while-you-write’-functie is wat mager en lijkt soms wat instabiel (nogal eng als je met een heel groot en belangrijk document als een dissertatie bezig bent). Als je echt met stijlen wilt ‘rommelen’ dan gaat dat niet. Overigens in Refworks ook niet. Endnote is daar vooral sterk in.

Ik ben erg enthousiast maar zou het programma toch nog niet als vervanger aanbieden aan studenten en onderzoekers van onze universiteit. Daar moet het nog net iets stabieler voor worden.

Verder nog een pluim voor het beschikbaar maken voor alle belangrijke besturingssystemen, wordprocessors en browsers. En (!)… binnenkort komt de zgn. Mendeley Open API vrij waarmee mashups gecreëerd kunnen worden. Zie voor meer nieuws de Mendeley Blog.